El Girona FC B debutarà a la lliga 2026-2027 el 6 de setembre de 2025 amb una sortida exigent, al camp de la UD Barbastro, mentre que tancarà la lliga regular el 9 de maig de 2026 visitant el camp de la UD Logroñés B. El primer partit com a local serà una setmana més tard a Vidreres contra la SD Tarazona. 

La Federació Espanyola de Futbol ha modificat la distribució geogràfica dels grups i el filial gironí deixa enrere els desplaçaments habituals al País Valencià i les Illes Balears per quedar enquadrat al Grup 2, juntament amb equips de Catalunya, Aragó, Navarra i La Rioja.

El gran partit per als aficionats gironins serà el derbi contra la UE Olot. Els dos equips es veuran les cares primer a Girona i després a l'Estadi Municipal d'Olot en la segona volta.

• Jornada 10 (8 de novembre de 2025): Girona FC B – UE Olot.
• Jornada 25 (7 de març de 2026): UE Olot – Girona FC B.

Un dels grans atractius del calendari seran els enfrontaments contra els altres grans filials catalans del grup.

El duel davant el filial blaugrana arribarà primer a la Ciutat Esportiva Joan Gamper i es resoldrà a terres gironines en el tram final del campionat.

• Jornada 11 (15 de novembre de 2025): FC Barcelona Atlètic – Girona FC B.
• Jornada 30 (11 d'abril de 2026): Girona FC B – FC Barcelona Atlètic.

El primer derbi contra el filial blanc-i-blau es jugarà a Girona, mentre que la tornada arribarà a inicis de febrer. 

• Jornada 6 (11 d'octubre de 2025): Girona FC B – RCD Espanyol B.
• Jornada 21 (6 de febrer de 2026): RCD Espanyol B – Girona FC B.

El Girona B afrontarà un grup amb rivals històrics com el Terrassa FC, el Reus Reddis, la SD Logroñés, l'Osasuna B o el Tudelano, en una temporada de 34 jornades que s'allargarà des del setembre fins al maig.